Siempre lo hacen así de “mal”.No informan a Hacienda del bruto correctamente,omiten la retención en origen.En el certificado que nos mandan a los clientes,si está correcta la información.
Luego, siempre nos toca modificar la información que aparece reflejada en los datos fiscales que tiene la AGE, porque no es correcta.Supongo que lo harán para “comodidad suya” y “desesperación nuestra”. 
Yo ya lo tengo asumido y,nunca hago caso al borrador(datos fiscales),siempre espero a tener el certificado de retenciones de Clicktrade para reflejar dichos datos en las casillas 029 y 0588.
Un saludo.