El fondo de garantía de inversiones alemán creo que sólo protege los primeros 20.000€ invertidos, por lo que la protección de los 100.000€ sería sobre la liquidez que tengas en la cuenta de Flatex, pero claro, al -0,5% TAE de rentabilidad no creo que nadie deje mucha liquidez en Flatex (creo que se salvan los primeros 2500€).
En teoría Degiro es un broker regulado por las autoridades holandesas y además ahora que lo ha comprado Flatex también lo regularán las autoridades alemanas imagino. Si nos fiamos de lo que Degiro dice tiene los activos de los clientes segregados de su balance, con lo que en caso de quiebra imagino que se transpararían a otro broker pero mientras tanto habría un tiempo sin poder acceder a las acciones.
https://www.degiro.es/acerca-de-degiro/seguridad-y-fiabilidad
Yo de todas formas también uso varios brokers: Clicktrade, Degiro y Interactive Brokers por no tener todos los huevos en la misma cesta y porque cada uno me ofrece productos que el anterior no me ofrecía. Al ir aumentando la cartera y la experiencia creo que es una evolución natural acabar con varios bokers y al final quedarte con los que más a gusto te sientas.